En las células diferenciadas de eucariotas los genes que codifican proteínas no aparecen como operones. La expresión de muchos genes eucariotas se controla por mecanismos que implican disponibilidad o no del ADN para transcribirse. La disponibilidad para la transcripción puede regularse por diversos mecanismos. Por un lado, se regula controlando las regiones del ADN accesibles a la ARN polimerasa. Por otro lado, puede regularse aumentando el número de copias de un gen susceptible de ser transcrito. Este es el caso de los genes cuyos productos se requieren en tejidos semejantes, para la misma ruta metabólica o en los mismos tiempos durante el desarrollo. En estos casos, se forman agrupaciones de genes cuyo empaquetamiento o desplegamiento de la (eucromatina) se regula coordinadamente.
El ADN en las células diferenciadas de eucariotas está organizado en eucromatina y heterocromatina. La eucromatina (menos electrodensa) permite la transcripción durante la interfase celular. La heterocromatina (más electrodensa) organiza el material genético de forma tan condensada que no permite la entrada de la ARN polimerasa. Las regiones del ADN que no son necesarias para una célula diferenciada permanecen sin transcribir al estar como heterocromatina. Las células muy especializadas como neuronas y fibras musculares tienen el ADN muy bien organizado en eucromatina y heterocromatina.